通称「バトスピ」と呼ばれるトレーディングカードゲーム「バトルスピリッツ（以下バトスピ）」が世界的に知られ、熱狂的な人気を集める世界。
バトスピ全国大会の決勝戦が行われ、天才カードバトラー・Jと素顔を仮面で隠すカードバトラー少女・スイレンとの一騎討ちが行われていた。
白熱のバトルはJが勝利を収め、決勝戦は幕を閉じた。
ある日、バトスピ大好き少年馬神トッパ（バシン）は、Jと街で偶然遭遇しバトルを挑む。
バシンは敗れるものの二人のこの運命的な出会いがきっかけとなり、バシンが持つペンダント、『輝石』に秘められた不思議な力によって、「イセカイ界」と呼ばれる異世界に行くことができることを知り、「スピリット」たちを実際に召喚してカードバトルができる特別なカードバトラーとしての能力を手に入れた。
その後バシンは、学校で噂になっている伝説のXレアカード（エックスレアカード）が存在することと、それらを全て揃えたとき、伝説の最強王者との戦いが実現することを知った。
同じように輝石を持つJ、スイレンなどのカードバトラーたちと、Xレアカードを巡って、激しいカードバトルを繰り広げていく。
やがてバシンはJやスイレン、ストライカー、さらにメガネコとキョーカといった同じ運命を課せられた仲間たちとともに、いくつかの困難を「正面突破」で乗り込んでゆき、そして謎の巨悪へと立ち向かう。